사업용 부동산(지식산업센터) 매도시 부가가치세 계산 방법

sedam
2021년 11월 12일
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최종 수정일: 1월 19일

토지와 주거용 부동산은 부가가치세법상 재화에 해당되지 않는 면세 부동산입니다. 하지만 사업용 부동산(지식산업센터, 창고, 공장, 상가, 사무실, 오피스텔 등)은 재화에 해당되어 사거나 팔 때 거래금액에 부가가치세가 발생합니다. 사업용 부동산 거래 경험이 많지 않은 분들이 가장 많이 실수하는 부분입니다.

사업용 부동산 매매 시 계약서에 부가세에 대하여 어떻게 할지 명시하지 않으면 어떻게 될까요? 매매가격에 부가세가 포함인지 아닌지에 대하여 계약서에 명시하지 않으면 매매가격에 부가세가 포함된 것으로 간주합니다. 즉, 계약서에 명시하지 않으면 매도자가 부가세를 납부해야 합니다.

사업용 부동산 매도 시 건물분에 대하여 ‘부가세 별도’ 또는 ‘부가세는 매수자 부담한다’라는 내용을 기재해야 손해를 보지 않습니다.

그럼 매매 시 건물분에 대한 부가가치세는 어떻게 계산할까?

부가가치세는 전체 양도가액에서 토지 가액은 제외하고 건물 거액에 대해서만 과세되므로 신고 시에는 토지 가액과 건물 거액의 구분을 하는 과정이 필요합니다. 토지와 건물의 가액이 분명하지 않다면 토지와 건물의 감정가액을 기준으로 전체 양도가액을 "안분하여 계산"하면 됩니다.

만약 감정가액이 없다면 ①기준 시가 ② 장부가액 ③ 취득가액을 순차적으로 적용하여 안분하면 됩니다. 감정평가 시에 건물 가약을 작게 한다면 부가가치세가 줄어들 것이므로 건물 가약을 되도록 작게 하는 것이 좋을 것이나 과세관청과 분쟁 소지가 있으므로 합리적인 선에서 감정평가를 하여야 할 것입니다.

안분계산하는 방법

사업용 부동산을 토지와 건물 함께 공급하는 경우에 건물의 공급가액에 대하여만 부가가치세가 과세됩니다. 일반적으로 토지와 건물을 일괄하여 공급가액을 정하는 경우가 많고 각각의 가액을 구분하여 정하는 경우는 그리 많지 않은 경우가 대부분이기 때문에 이러한 경우 전체 거래가 액 중 과세되는 건물과 토지의 공급가액을 구분하는 계산 방법을 법으로 규정하고 있습니다.

1) 실거래가액이 원칙(토지·건물가액이 구분된 경우)

사업용 부동산 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 합니다. 여기에서 실지거래가액은 시가와는 개념이 다른데 시가란 특수 관계가 없는 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격을 말하며, 실지거래가액은 거래 당사자 간의 합의에 의한 가액을 말한다고 할 수 있습니다.

즉, 부동산을 공급하고 계약서 등에서 토지 가액과 건물 등의 가액을 구분 표시하여 거래하였거나 계약서 등에 구분 표시되지 않았다 하더라도 관련 증빙 등에 의하여 확인되고 그 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 곧 실지거래가액이 되는 것입니다.

다만 계약상 면세되는 토지부분의 가액을 부당하게 고가로 명시하고 과세되는 건물가액을 심히 저가로 명시한 경우 과세관청에서는 공급가액이 불분명한 것으로 보아 공급가액 안분계산에 의하여 공급가액을 산출하고 있습니다.

① 실지거래 가액에 부가가치세가 포함된 경우

② 실지거래가액에 부가가치세가 포함되지 않은 경우

2) 계약서상 건물가액은 없는 것으로 할 경우

사업용 부동산 토지와 그 토지에 정착된 건물을 일괄양도하면서 계약서상에 토지 및 건물가액을 구분 표시하되, 건물가액은 없는 것으로 하고 양수인이 양도받은 건물을 철거한 경우, 매매계약 체결 당시 건물 철거가 예정되어 있고, 실제 철거되었으며, 계약서에 구분 표시된 건물의 가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 건물의 공급가액은 없는 것으로 할 수 있습니다.

다만 이에 해당하지 않는 경우에는 실지거래가액을 안분계산하는 것입니다.

3) 실지거래가액 중 토지·건물가액의 구분이 불분명한 경우

사업용 부동산 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우의 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급가액을 다음과 같이 안분계산합니다.

① 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준 시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준 시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산합니다.

다만, 감정평가가액[부가가치세법시행령 제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가업자가 평가한 가액을 말합니다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산합니다.

② 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준 시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산합니다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준 시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준 시가에 의하여 안분계산합니다.

③ 위 ① 및 ②의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산합니다.